So, nach viel GOOGLE Einsatz habe ich zumindest eine Teillösung des Problems gefunden. Leider ist dieseLösung nur für Mac Nutzer wie mich und sie behebt das Problem das manche Files nicht erkannt werden auch nicht.
Nun zur Lösung:
Mac Os X legt für sein Spotlight auf jeden eingelegten Datenträger versteckte Dateien an welche es zur Indizierung benötigt. Leider erkennt der Prius diese Dateien und möchte diese als Mp3 wiedergeben da die's aber nicht möglich ist versucht der Prius diese anzuspielen und überspringt sie dann da er sie nicht verarbeiten kann was zu merklichen Verzögerungen beim Abspielen eines USB Sticks führt. Nun gibt es ein kleines Tool welche die Dateien entfernt und somit das Problem behebt. Einfach den USB Stick nach fertiger Bearbeitung über das Icon ziehen und fertig. Achtung, das Tool wirft den Stick aus, beim nächsten Verbinden mit dem Mac indiziert er wieder.
Das Tool gibt's
hier.